Historia położonej nad Rabą miejscowości Cikowice sięga średniowiecza. Jednak do początków XX wieku wieś wraz z Damienicami i Stanisławicami należała do parafii Łapczyca, a świątynią parafialną był zbudowany przez Kazimierza Wielkiego około roku 1340 kościół.

1 grudnia 1919 roku biskup Leon Wałęga wyłączył z parafii Łapczyca trzy wioski i uznał farę w Cikowicach za okręg filialny. W dniu 5 września 1923 roku dokonał on konsekracji kościoła, a 10 maja 1925 roku erygował parafię, której pierwszym proboszczem został ks. Jan Dymurski.

We wnętrzu kościoła w Cikowicach zachowało się w całości oryginalne wyposażenie w stylu neogotyckim. Twórcą ołtarzy oraz ławek rzeźbionych był Franciszek Adamek z Bochni w latach 1918 - 1923. Witraże wykonane zostały w firmie Żeleński w Krakowie. Obraz św. Antoniego Padewskiego w ołtarzu głównym malowała Maria Richter z Nowego Sącza, a św. Anny w ołtarzu bocznym - artysta malarz Walerian Kasprzyk z Bochni. Obrazy Serca Pana Jezusa i Pana Jezusa Miłosiernego malował Dylewicz z Damienic. Autorem polichromii figuralnej był Stanisław Skwarczyński z Krakowa w latach 1955-56.

W roku 1975 przeprowadzono prace renowacyjne przy polichromii ścian kościoła oraz przy trzech ołtarzach. Wykonywał je Stanisław Kruczek ze Starego Sącza.